Ако Ocarina of Time е епично приключение, то Majora's Mask определено може да се нарече двойно епично приключение. Този път Линк, хилианският герой, се бори с времето, за да разреши тревожната загадка на Majora's Mask. Умелото продължение на Ocarina of Time предлага множество графични акценти и започва при обстоятелство, което би разтърсило основите на повечето игри. Линк преживява отново и отново същите три дни и нощи, което му позволява да изследва своя свят и живеещите в него персонажи по начин, какъвто никога преди не е бил възможен.
Сюжетът в много видеоигри е по-скоро второстепенен, но в Majora's Mask той движи всичко напред. Историята се разгръща като живо същество през играта, появявайки се все по-ясно тук и там и разкривайки допълнителни детайли за страната Термина. Линк играе ролята на добре екипиран детектив в това мистериозно приключение, който получава нови прозрения за живота на познати персонажи, но също така среща много нови лица. На пръв поглед Majora's Mask изглежда необичайно мрачен, но обикновено това е само страхът от неизвестното, който създава тази задушаваща атмосфера. Колкото повече Линк научава за света, толкова по-малко заплашителен изглежда той.
Тайнственото събитие започва само три месеца след триумфа на Линк над Ганондорф в Ocarina of Time. Линк управлява Епона в търсене на своята вярна фея приятелка Нави през гъстия мъгла. За изненада на Епона, внезапно се появяват две зли феи в облаците, и конят на Линк панически отстъпва. Оказва се, че двете феи са братя и сестри и се казват Татл и Таел.
Когато Линк пада на земята и губи съзнание, от мъглата излиза маскирано Хорор-Кид. Веселият, но и зловещ маскиран крадец краде Окарината на Линк и веднага скача на Епона. Линк, разбира се, започва преследване, но все още не знае, че не преследва обикновен Хорор-Кид, а такъв, който е пронизан от мистичната сила на Majora's Mask. В края на преследването Линк неволно следва Хорор-Кид през магическо портало, което води в паралелна вселена.
Новата страна, в която Линк се озовава, се нарича Термина, и въпреки че разполага с много от познатите характеристики и обитатели на Хайрул, това е съвсем собствен свят, който на Линк му е познат по объркващ начин. Не отнема много време, преди Линк да осъзнае, че е пристигнал в Термина в най-неподходящия момент. Не само, че един Хорор-Кид причинява бедствия, движен от тъмната сила на Majora's Mask, но и Луната ще се стовари в атмосферата само за три дни и напълно ще опустоши страната. Линк знае, че това не може да е случайност. Преди настъпването на четвъртия ден, Линк трябва по някакъв начин да разреши загадката на Majora's Mask и да спаси Термина от лудите планове на собствената си Луна.
Маските играят важна роля в терминианското приключение на Линк. Още в началото Линк среща пътуващ търговец на маски. Не е веднага ясно дали този съмнителен персонаж е на страната на доброто или злото, но той твърди, че е законният собственик на Majora's Mask. Именно пътуващият търговец поставя лимит от три дни за героичните дела на Линк, в съответствие с неумолимия график на падащата Луна. След това скитащият представител на търговеца на маски дава на Линк първата му маска, Деку-черупката. Докато носи тази маска, Линк може да говори с листни същества, които биха го игнорирали в човешката му форма.
Когато Линк сложи маската на Гороните, той влиза в тялото на паднал Горон на име Дармани. Горон-Линк е един от най-необичайните Гороните, които някога ще видиш. В образа на ядещия камъни Дармани, Линк разполага с мощен удар, както и способността да се свива в шиповидно колело и да се търкаля наоколо. От друга страна, когато Линк сложи маската на Зора, той се превръща в Зора и получава способността да плува през водата толкова бързо, колкото делфин. Разбира се, Линк трябва често да използва тези три маски, за да решава задачите в Majora's Mask. Въпреки това, има над 20 други маски, които му помагат по различни начини. Някои маски позволяват на Линк да говори с определени персонажи, а други му дават специални сили, като например способността да тича по-бързо. Това често отваря огромно количество възможности.